بعد از حمله مغول به ایران، به دنبال جنگ و زدوخورد جلال الدین خوارزمشاه با آنها و فرار او به مناطق شرقی و سپس ورود به ایران و امدن به مناطق کردنشین، مغولها سراسر ایران برای از بین بردن جلال الدین درهم نوردیدند. جلال الدین مدتی در غرب ایران حکومت کرد که با روسای محلی و اتابکان درگیر شد. در سال ۱۲۱۳ میلادی سلطان جلال الدین خوارزمشاه کشته شد. هلاکوخان مغول نیز بعد فتح نواحی مرکزی ایران و قلاع اسماعیلیه از طریق همدان و کرمانشاه به بغداد رفت و اخرین خلیفه عباسی را اسیر و به طرز فجیعی مقتول کرد. در این زمان دیگر مناطق کرد نشین از خطر مغول در امان نبودند. در سال ۱۲۵۹ میلادی دو لشکر از سه لشکر مغول تمام نواحی کردنشین را در هم در نوردیده و به طرف دریاچه وان رهسپار شدند.در این درگیریها غیر از میافارقین که یکی از ایوبیان به نام کامل محمد مقاوتی به خرج داد بقیه مناطق بدون خونریزی شدید به دست مغولها افتاد.
ایلخانان مغول
در سال ۱۲۹۷م. کردها اربیل را محاصره نمودند و به لشکر مغول حمله کردند. بعد از مسلمان شدن ایلخان مغول به نام محمد خدابنده کردها به دلیل مسلمان بودن با او همکاری بیشتری نمودند. با ضعیف شدن ایلخانان مغول، امیران مغولی چوپانیان: امیر چوپان و حسن بزرگ چوپانیان قدرت را تا مدتی در دست داشتند که عاقبت ایلخانان در سال ۱۳۴۹ میلادی منقرض شدند. امدن و رفتن فرمانروایان ادامه داشت تا اینکه قدرت به امیران مغولی جلایریان رسید که بعدها مناطق کردنشین به بایزید رسید.
بعد از جلایریان، ترکمنهای قراقویونلو حکومتی در کردستان تشکیل دادند که بعدها توسط ترکمنهای آققویونلو از این مناطق به عقب رانده شدند.
با ظهور تیمور گورکانی مناطق دیاربکر و ماردین به تصرف تیمور لنگ افتاد. در حملات تیمور به دلیل اینکه کردها چادرنشین بودند و به کوهستانها پناه برده بودند کمتر آسیب دیدند. بنابراین تا دوره صفویان سرزمینی که امروزه به کردستان مشهور است یک قسمت آن را جزیره و قسمت دیگر را اردلان مینامند که گاه تحت حکومت امیران مغولی جلایریان گاه تحت حکومت ترکمنهای آققویونلو و گاه تحت حکومت ترکمنهای قراقویونلو بودهاست که اینان خود به دست صفویان از بین رفتند.